Laboratorium Agama adalah fasilitas laboratorium yang digunakan untuk praktik keagaaman yang berhubungan dengan mata kuliah-mata kuliah praktik keislaman. Laboratorium Agama sudah dilengkapi dengan sarana dan prasarana yang memadai, selain itu pada laboratorium ini juga digunakan sebagai ruang baca Fakultas Agama Islam yang dilengkapi dengan literasi-literasi ilmiah maupun non ilmiah serta literasi yang berkaitan dengan kemuhammadiyahan untuk menunjang proses perkuliahan mahasiswa FAI.