Fakultas Agama Islam (FAI) yang sekarang memiliki lima program studi (PAI, PBA, PGMI, Akhwal Syakhsiyah, dan Perbankan Syariah) di Universitas Muhammadiyah Sidoarjo merupakan pengembangan dari Fakultas Tarbiyah. Sebelumnya FAI adalah Fakultas Tarbiyah, namun karena telah turun SK Izin Penyelenggaraan Program Studi Akhwal al Syakhsyiyah nomor: Dj.I/84/VIII/2011 dari Direktorat Jenderal Pendidikan Islam, maka berganti dengan nama sebagaimana nama sekarang, sedangkan Tarbiyah menjadi nama salah satu jurusan.

Hal ini menunjukkan jumlah program studi yang tersedia di fakultas tersebut bertambah seiring dengan perluasan bidang keilmuan yang tersedia di fakultas.Dengan demikian FAI memiliki dua jurusan, yakni (1) Jurusan Tarbiyah, dan (2) Jurusan Akhwal al Syakhsyiyah. Jurusan Tarbiyah sendiri memiliki tiga Program Studi, meliputi: (1) Prodi Pendidikan Agama Islam, (2) Prodi Pendidikan Bahasa Arab, (3) Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah. Sedangkan Jurusan Syariah meliputi Prodi Akhwalus Syakhsiyah, dan Perbankan Syariah.

Keberadaan Fakultas ini tidak dapat dilepaskan dari sejarah lahirnya Universitas Muhammadiyah Sidoarjo di tahun 1984. Fakultas Tarbiyah menjadi embrio berdirinya universitas ini, saat itu masih berbentuk sekolah tinggi (Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Muhammadiyah Sidoarjo), yang memiliki satu jurusan, Pendidikan Agama Islam. Pada bulan November 2000 STIT Muhammadiyah Sidoarjo berganti nama menjadi Fakultas Tarbiyah, yang merupakan bagian dari Universitas Muhammadiyah Sidoarjo seiring dengan turunnya SK Menteri Pendidikan Nasional yang mensahkan nama lembaga Universitas Muhammadiyah Sidoarjo.
Dalam usia yang cukup matang, FAI telah mencetak ribuan sarjana pendidikan Islam yang lulusannya telah tersebar ke berbagai daerah di Provinsi Jawa Timur, bahkan di provinsi lain, seperti NTB, NTT, dan Papua. Lulusan FAI berkiprah di masyarakat sebagai guru-guru PAI, Bahasa Arab di sekolah-sekolah atau madrasah untuk jenjang dasar dan menengah, negeri maupun swasta, penilik madrasah, kepala sekolah, dan pemimpin lembagai pendidikan lainnya.